D'une idée à sa publication : chemin d’un padawan de la recherche clinique

 C’est en ce jour morose, pluvieux et sentant la reprise comme à l’aube d’une nouvelle semaine de travail que j’avais envie de vous raconter le chemin qu’emprunte le chercheur clinicien pour parvenir à la publication. Non je déconne, en fait j’ai eu l’idée en faisant du snorkeling sur l’ile de Bunaken en Sulawesi. Une tortue de taille assez respectable nageait entre deux eaux. Je flottais moi-même assez bien, mais à la surface avec mon masque et mon tuba. Et puis je me suis dit : tiens ! Pourquoi pas faire un billet sur les étapes qui jalonnent la vie d’un travail de recherches ! Donc c’est ce que je fais, mais je digresse…

(ndlr : je vous recommande la Sulawesi)

Quand on a des idées même en vacance !

Quand on a des idées même en vacance !

Je n’ai aucune autre prétention que de vous raconter ma vision des choses, qui est uniquement basée sur ce que j’ai appris durant les 5 dernières années. Je ne suis pas un « grand » chercheur » ou encore un « key opinion leader », je suis juste un kinésithérapeute de formation qui a choisi d’entamer une carrière de chercheur à plein temps. Qui sais, peut-être qu’un jour je deviendrai vendeur de crêpes au sucre sur la plage ou que j’ouvrirai un bar à tapas ;) Mais pour l’instant je fais de la recherche.

 

Step 1: L’idée

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 On a tous des idées, ma mère a des idées, mon boulanger à des idées, l’homme politique a des idées et le gars assis à côté de vous dans le bus à l’instant où vous lisez ces mots a aussi des idées. Cependant, comme le disait si bien mon mentor : « Avoir des idées c’est pas compliqué, les transformer en projets puis les mener au bout, c’est une autre histoire ».

Une idée, ça peut-être par exemple : « je pense que l’activité physique encadrée chez le patient insuffisant respiratoire peut améliorer sa qualité de vie ». D’ailleurs, c’est souvent issue d’une observation clinique. Pour le coup, celle-ci c’est une bête d’idée…mais je ne suis pas le premier à l’avoir eu. D’où l’intérêt de vérifier dans la littérature que vous n’êtes pas en train de réinventer l’eau chaude. Dans ce cas, on dira « faire une revue de la littérature ». Celle-ci vous permettra de vérifier qu’aucune autre étude ne répond complètement à votre objectif.

De cette idée découlera une hypothèse, par exemple « l’activité physique améliore la qualité de vie chez le patient atteint de BPCO », puis un objectif de recherche, « Evaluer un programme de réentrainement à l’effort de 6 semaines sur la qualité de vie chez les patients atteints de BPCO ».

Voilà vous êtes paré, vous pouvez rédiger votre protocole de recherche


Step 2 : La rédaction du protocole de recherche

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C’est une grosse étape, car il faut penser à tout : anticiper les problèmes de faisabilité, les limitations techniques, le manque de ressources humaines, la logistique et le coût. Il faudra aussi, avant toute chose, choisir le design d’étude qui correspond à votre objectif, mais aussi à l’état des connaissances actuelles. Bah ouais ! Si les études observationnelles, les analyses rétrospectives, les cas cliniques et tout le tralala étaient inutiles, on ne ferait que des Etudes Contrôlées Randomisées (ECR) et le tour serait joué ;). Sauf que ces différents designs, qui n’ont pas la même « valeur » que l’ERC, sont d’une importance primordiale dans le processus de compréhension scientifique des chercheurs. C’est au travers d’un cas clinique qu’une idée novatrice apparaît, par une étude rétrospective ou un travail quasi-expérimental qu’un outcome émerge… Et c’est, « petite » étude après « petite » étude que l’on parvient à l’ECR, avec l’hypothèse qu’un traitement est supérieur à un autre, ou qu’il est non-inférieur.

Donc il ne faut pas rougir de son design, ce qui compte c’est que le travail soit bien fait. En d’autres termes, ce n’est pas la taille qui compte mais la façon dont s’est réalisé….

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Quoi qu’il en soit, entourez-vous des bonnes personnes pour la rédaction du protocole. C’est une phase particulièrement importante. Vous travaillerez notamment main dans la main avec les méthodologistes et les statisticiens. Si vous avez de la chance, ces derniers feront un gros effort de vulgarisation pour que vous ne paraissiez pas trop bêtes…

Une fois le protocole de recherche ficelé, relu maintes et maintes fois par votre chef et par d’autres seniors, vous irez chercher des sous.



[time frame : ça dépend de vous]

Certes ça dépend de vous, mais aussi de vos encadrants ou de vos collaborateurs, qui vont relire et amender le protocole avec vous : on ne fait pas de la recherche tout seul.

 

Step 3 : Le financement


Parce que l’argent c’est le nerf de la guerre.

Parce que l’argent c’est le nerf de la guerre.

Je vous passe les détails chers amis mais, que vous soyez en contrat doctoral, en contrat postdoctoral, maître de conférence, ou simplement un clinicien faisant de la recherche, vous devrez aller à la pêche aux financements. Selon les domaines de recherches, le contexte, et le pays, vous pourrez déposer votre projet pour répondre à des appels d’offres. Souvent, la sélection est rude, donc le mieux est de soumettre à plusieurs sources potentielles de financement pour lesquelles vous remplissez les critères d’éligibilité (fonds de dotation, fondations, bourses, PHRIP, PHRC, etc.), en espérant être retenu par l’une d’elles.

 

[time frame : plusieurs mois]

Entre la soumission de la lettre d’intention et la publication des résultats, parfois il peut s’écouler une dizaine de mois.


Vous avez été bon et vous avez décroché un financement ! bravo

 

Step 4 : La déclaration de la recherche

Tout bon chercheur le sait : avant de commencer, il est primordial de déclarer A PRIORI ce qu’on va faire. Ça vous dit quelque chose le cherry picking ? Je pense que oui car je lis souvent ce terme sur les réseaux sociaux, parfois utilisé à tort d’ailleurs.

Publier votre protocole sur une base d’indexation prouve votre rigueur scientifique. De même, lorsque vous serez parvenu à l’étape du reviewing de vos résultats, pendant le processus de soumission/publication, les reviewers se feront un malin plaisir à aller vérifier que ce que vous analysez est bien ce que vous avez préalablement déclaré (et donc prévu !). Parce que vous n’êtes pas sans savoir que lorsqu’on cherche…on trouve !

Plusieurs bases de données, selon la forme de votre recherche, permettent d’effectuer la déclaration. Cinicaltrial.gov est un exemple très connu, prospero.com pour les revues systématiques également. Mais il existe une flopée d’autres bases moins connues. Peu importe ici, il faudra que vous soyez en mesure de fournir, le moment venu, un lien présentant l’enregistrement avec vos résultats.

 

Step 5 : La mise en place et le suivi de la recherche

Naturellement, ce point diffère grandement d’un type de projet à un autre : la logistique et l’organisation d’une ECR multicentrique internationale n’est pas comparable à la collecte de données d’une étude rétrospective monocentrique.

C’est en collaboration étroite avec les équipes sur le terrain, les attachés de recherche cliniques (ARC) qui sont les professionnels de la recherche, les médecins et les autres chercheurs que le projet va voir le jour réellement, avec l’inclusion de votre premier patient. Le numéro 1. Il sera le premier d’une longue série…tout dépend de votre calcule d’effectif.

Tout au long de la phase de recrutement de l’étude, un monitoring est effectué pour s’assurer qu’il n’y ait pas d’entorse au protocole : ce sont normalement les ARC qui s’en chargent. Les consentements sont rigoureusement récupérés et les données rigoureusement collectées.

Encore une fois, cela varie fortement selon le type d’étude, mais c’est souvent la partie la plus laborieuse pour les études de cohorte ou les ECR.

 

[Time frame : it depends…] 1 mois, 1 an, 10 ans, etc…

 

Les inclusions sont terminées et vous sautez de joie.

Step 6 : L’analyse des résultats

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BOUM ! ENFIN ! Normalement vous n’êtes pas censé avoir fait d’analyse intermédiaire, sauf si vous l’avez déclaré dans votre protocole, et que vous l’avez pris en compte statistiquement.

Peu de chercheurs, et encore moins de cliniciens sont capables de réaliser des analyses statistiques bien menées. Statisticien, c’est un métier. Vous ne demanderez pas à votre plombier de rééduquer votre patient cervicalgique ou votre mémé arthritique. Alors laissez le statisticien faire son boulot, ou au moins vous accompagner dans l’analyse.

Ne triturez pas les résultats. Ce que vous analysez et la façon dont vous le faites sont des modalités normalement préalablement définies (cf step 4). Acceptez les résultats négatifs : ce sont aussi des résultats. L’étape suivante est la plus intéressante à mon goût.

 

Step 7 : La rédaction du papier.

Quand ça n’en finit jamais ;)

Quand ça n’en finit jamais ;)

 Certains détestent rédiger, moi j’adore ça. Et pourtant je suis loin d’être un crack en la matière quand on voit le nombre d’aller/retour entre moi et mes patrons. Ce qui prouve qu’il y avait à redire après le premier draft.

Dans ce processus, il faut s’imprégner des résultats, qui parfois sont complexes et peu intuitifs de prime abord, trouver la meilleure représentation graphique et la figure qui en facilitera la compréhension.

Dans votre introduction, le rationnel devra être concis et efficace : aller droit au but, tout en développant au mieux le raisonnement qui a conduit à réaliser l’étude ; les objectifs devront être énoncés clairement. La partie « méthode » est très importante car elle doit permettre en un coup d’œil de comprendre la façon dont l’étude a été réalisée. La rédaction de la partie « résultats » est normalement courte car les tableaux et les figures se suffisent souvent à eux-mêmes. N’en faites pas des tonnes.

Puis viens la « discussion ». Vous rappelez vos objectifs et vos résultats principaux puis vous développez les points qui vous semblent sujets à discussions : la pertinence clinique des données que vous présentez, la comparaison aux études antérieures, les limites du travail etc. Et enfin vous concluez. Soyez honnête dans votre conclusion, car c’est souvent cette phrase qui finalisera votre résumé/abstract et ce sera celle qui sera retenu par la plupart…car souvent les papiers ne sont pas vraiment lus…et encore moins la discussion.

 

(Ndlr : Je ne cherche pas à proposer la recette magique de l’écriture d’un article mais ça doit ressembler à peu près à ça.)

 

Si vous êtes la personne à l’origine de toute cette petite aventure, vous serez normalement le premier auteur du papier. Il vous reviendra, après avoir rédigé la première version, de l’envoyer à vos co-auteurs, mais surtout à un de vos collaborateurs scientifiques senior pour qu’il fasse les corrections et propose ses idées. 

Ecrire le premier draft est toujours le plus long. Les amendements/modifications subséquentes seront d’autant plus simples et rapides que la première version est habilement construite.

Définir l’authorship est parfois une tâche délicate car il ne faut pas froisser les égos, mais il faut également mettre en valeur les auteurs à hauteur du travail qu’ils ont effectué. Parfois un auteur n’a simplement réalisé qu’une courte relecture de la version finale… Le premier auteur est souvent celui qui a la plus œuvré au processus, le dernier (ou les deux derniers) sont les responsables scientifiques, qui sont souvent des chercheurs expérimentés. Pour éviter toute désillusion, il est préférable de définir l’authorship avant même le lancement de l’étude !

Une fois que tout le monde est tombé d’accord sur l’authorship et sur le manuscrit de votre papier, vous le soumettrez à une revue.


Step 8 : Choix de la revue et soumission

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C’est une grande étape dans la vie d’une étude et d’un papier. « A quelle revue vais-je soumettre ce travail ?» est une question quasi systématique que l’on se pose pendant la rédaction du papier (ou même bien avant). Je ne m’étendrais pas non plus sur ce sujet qui peut faire l’objet d’un article de blog à lui tout seul mais il est bon de rappeler que plus fortement impactée (Impact Factor) sera la revue, plus bas sera le taux d’acceptation de votre papier. Vous devrez choisir au mieux la revue en prenant en compte le contexte scientifique de votre sujet au moment de la soumission, mais également la qualité de la méthodologie et le caractère innovant des résultats. Ceci étant dit, l’avantage des grandes revues, c’est que votre réponse après soumission est assez rapide. Et c’est souvent… « NON » ;)

 

Comment ça se déroule ?

 Vous soumettez votre papier au rédacteur de la revue via la plateforme de soumission ad-hoc. C’est un processus long et fastidieux parfois, qui nécessite d’adapter la forme de votre papier (comme la biblio par exemple) aux exigences éditoriales de la revue que vous avez choisie.

Premièrement, le papier doit passer « la barrière de l’éditeur » c’est à dire que l’éditeur doit y trouver un intérêt à l’envoyer à des reviewers (relecteurs externes). Si c’est le cas, c’est une bonne nouvelle pour vous. Deux ou trois reviewers experts et anonymes seront sollicités pour relire et donner leurs avis sur votre travail. Dans le cas contraire, le papier est rejeté et tout le processus de soumission recommence avec une autre revue (mise en forme, lettre à l’éditeur, exigence de nombre de mot, etc.)

Si vous êtes en « reviewing », un paquet de temps peut s’écouler…normalement 15 à 45 jours selon l’importance de la revue. A l’issue de ce reviewing, deux options s’offrent à vous : 1) vous êtes rejeté, et c’est retour à la case départ, 2) vous êtes en révision.

Si vous êtes en révision, il se peut que les reviewers vous demandent des révisions substantielles de votre travail, comme des analyses statistiques supplémentaires par exemple. Si vous êtes chanceux, la révision ne peut n’être que « mineure » et vous en ferez votre affaire rapidement. Ces aller/retour entre reviewers et auteurs peuvent être nombreux et ne s’arrêter que lorsque que vous leur avez donné satisfaction. J’ai déjà eu 4 reviewing sur le même papier pour ma part. Quand on considère qu’il peut s’écouler 2 mois entre chaque A/R, faites le calcul…

C’est cependant un gage de qualité et de rigueur que de bénéficier d’une révision par les paires/peer et c’est pourquoi il faut accepter ce processus avec patience et y voir une forme d’amélioration de son travail. Parfois on a l’impression que ce processus a amélioré le travail, parfois c’est l’inverse ;)

 

Si votre travail est accepté pour publication, vous recevrez un mail de la part de l’éditeur qui vous informera du calendrier de publication. Là vous crierez « hourra !» et vous boirez un verre à la santé de votre travail et mangerez quelques tapas à l’occasion..


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Voilà, résumé en quelques lignes, comment une idée devient un papier.

 

Marius Lebret

Kinésithérapeute, PhD.

Chercheur d’or et compteur d’histoire à dormir debout.

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Merci à Aymeric Le Neindre et Noémie Duclos pour leurs relectures de Peer/Paires/Père et Mère.